Код, представленный в листинге загружает изображение в формате GIF, и меняет цвет одного из индексов цветовой палитры. Для того, чтобы пример был нагляднее загружаемое изображение должно иметь большие области, закрашенные однородным цветом.
Пример кода
<?php
// Загрузка изображения, имеющего палитру цветов
$im = imagecreatefromgif("img.gif");
// Получения индекса цвета из палитры цветов
// для пикселя в точке с координатами 150, 100
$index = imagecolorat($im, 150, 100);
// Замена цвет в палитре на красный цвет
imagecolorset($im, $index, 255, 0, 0);
// Вывод изображения в браузер
header("Content-type: " .image_type_to_mime_type(IMAGETYPE_PNG));
imagepng($im);
?>