Без разницы. Главное, чтобы все странички были доступны не более чем в три клика (если сайт небольшой).
Если у вас на сайте есть "карта сайта" - то при регистрации в поисковой системе лучше ввести адрес именно карты сайта. Так быстрее будет проиндексирован сайт.