Движок инсталлирован на сайт скриптом. Теперь папки не подлежат удалению, а некоторые и открытию. Сам скрипт вообще не использовал функцию chmod, но использовал библиотеку для работы с zip-архивами PclZip-2-5. Собственно, из архива движок и был распакован.
На папки оказались выставлены права 0775 и, почему-то, 0402.
Ни ftp-клиент, ни другой скрипт не могут ни удалить их, ни изменить chmod.
Проблема крайне срочная. Очень благодарен всем ответившим.