Что означает выражение: "Функция file() не является безопасной?"
От кого? Для кого не безопасна?
Каковы возможны последствия?
Происходит ли блокировка в разделяемом режиме доступа к файлу?
Что означает "Безопасность и защищенный режим" http://www.php.su/security/?safemode#safemodesecurity
Выражение "Функция file() не является безопасной", не имеет смысла , будучи выдернутой из контекста. Любая функция может представлять определенную опасность и любая безопасна при правильном использовании.
По ссылке, приведенной Вами весьма подробное объяснение. Изучайте и применяйте правильно.