1) В любом случае следует остановить сервер MySQL, если обращение к базам не происходит постоянно маловероятно, что они пострадают, но можно огрести проблем с сервисом запуска и может не инсталлироваться занятый процессом файл mysql-nt.exe.
2) Я обычно удаляю предыдущую версию и ставлю новую версию поверх баз (которые при деинсталляции не удаляются), но можно и обновление попытаться провести, я думаю всё будет нормально...