Стандартный порт 3306, но его можно поменять в конфигурационном файле my.ini. Это бывает удобно когда в системе стоит несколько баз данных одновременно, например у меня на локальной машине прекрасно уживаются MySQL 4.0, MySQL 4.1 и MySQL 5.0 на 3306, 3307 и 3308 портах, соответственно.