Форум MySQL

1.Вобщем я решил создать свой игровой сервер. Для сервера необходима БД Navicat MySQL. Сервер запустился и все норм пашет. Я решил создать свой сайт чтобы люди там могли читать всю информацию о сервере, регистрировать игровые аккаунты и т.д. Прочитав (не полностью) книгу "самоучитель PHP 5/6 " я установил php, apache, MySQL так как там написано, вроде все работает, но запустив MySQL , MySQL Navicat отказывается работать, т.е. одновременно оба включены быть не могут, хотелось бы знать, работая со скриптами для сайта возможно ли использовать как БД MySQL Navicat ? MySQL и Navicat MySQL очень сильно отличаются (во всяком случае мне так показалось)
2.Скачав сам сервер, там был изначально сайт, тот сайт я удалил. Чтобы работал мой сайт ( т.е. наример регистрация игрового аккаунта через сайт или онлайн игроков) куда мне вкладывать папку с сайтом??? на хостинг или же в папку в сервером я не понял

Navicat - это не сервер, а клиент, AFAIK
Чем плохо работать навикатом с тем сервером , который у Вас сейчас стоит?

я без понятия чем плохо, просто navicat и MySQL не хотят работать вместе

У меня как-то работали...
Может, конечно, у нас navicat разный был или MySQL :)