Но, если хочу открыть ещё одно новое окно таким же способом, то новое окно не создается, а перезагружается 1-е с содержимым 2-го, как сделать, чтобы открывалось доп. окно?
За это отвечает второй аргумент window.open(). Напишете там вместо 'Messenger' другое имя - будет другое окно. Если хочется вообще каждый раз новое - напишите '_blank' .