Дело в том, что при запуске по cron не доступно серверное окружение, и PHP просто не знает о текущей директории. Её следует выставлять явно в начале скрипта при помощи функции chdir().
У меня скрипт создаёт фаил в том же каталоге где и скрипт. При выполнении скрипа при помощи Cron он почему то создаёт фаил в папке Cron. Почему так происходит? Заранее благодарю.