Следует создать ещё одну таблицу с похожей структурой выбрать в неё уникальные записи из первой таблицы при помощи оператора CREATE TABLE ... SELECT, уничтожить старую таблицу, а новой таблице назначить старое имя.
Собствено САБЖ. Предположим у меня есть таблицы в котором есть поле LOGIN и если у меня есть к примеру 10 записей и среди них 2 с одним и тем же LOGIN, то удалить одну, но оставить вторую..