HTML+CSS+JavaScript

А если речь не о плагине, то зачем после него jQuery.stop();, и еще в одном месте это?
В общем так - выбрасывайте этот код, пишите заново, без смеси чистого JS и jQuery там, где в этом нет необходимости. Но прежде чем писать, и когда пишите, размышляйте, именно размышляйте, а не просто думайте. Тогда все получится.

Я вам вроде бы как написал, и не функцию, а метод, и когда получен ответ от сервера, и вы с ним что-то сотворите, то все, метод отработал и отвалился. Все, спать ушел метод. Что у вас там продолжает работать и почему, ума не представляю.

Нет, мне надо остановить не .promt(), а функцию добавления комментария. Модальное окно должно висеть, что бы пользователь прочитал сообщение и нажал Ок.

Да откуда я знаю, я же написал, что не знаю этого плагина. Если это копия, по сути действий, стандартного окна promt, то ваше .stop() для него, может остановить только анимацию этого плагина, и то, если она одна в очереди или текущая, иначе обращаться к этому методу нужно не так.
А вот закрыть этот плагин, само сообщение, никакой stop() не сможет - стандартное окно promt ждет выбора пользователя, именно в этом суть истинно мадальных окон. Можно только удалить объект этот методом .remove(). Но вот вопрос - это сообщение/выбор для пользователя должно быть логичным, то есть тогда, когда в нем есть необходимость, и вы должны получить выбор пользователя, а значит щемящего вопроса как сделать "стоп" быть не должно. В противном случае этот плагин срабатывает у вас совсем не кстати, а значит ваша логика действий хромает.

Про If понятно )) просто не правильно выразился.....

А как можно тогда остановить работу функции?

Понятия не имею почему она не срабатывает, так как не знаю этого плагина (promt). А метод .stop() ничего и не тормозит, а прекращает выполнение текущей анимации. Значит у вас где-то в чем-то баг.

Вы назвали свой пост некорректно - if ... else ... логика не может быть кривой, это просто конструкция языка выполняющая ВАШУ логику, которую ВЫ в нее вкладываете. Как вы захотели (предположили), так она и действует.

Ну допустим я изменю функцию... но почему не отрабатывает в функции jQuery.stop()?

А почем нет?
<script>
var usr;
//где-то первый запрос к серверу
$.post {
//сервер отвечает - если не проверялся сей изер, возвращают инфу о нем.
//запомнили ее
usr = server-user;
}
//а далее используете значение usr где угодно
//и сервер уже имеет его признак - кроме кук еще есть и сессия.
<script>

Правильно ли я понял: гость пытается написать комментарий, вводит имя, на сервер полетела проверка, вернул сервер занято имя или нет, ответ сервера вставили записали в куки с помощью JS, потом с помощью него проверили, что есть в куке?

Куки может устанавливать и клиент, это раз.
Отправляет клиент запрос на сервер, проверили, и вернули:
usr = true; //false
и используйте откуда угодно и где угодно. Это два.