Форум Apache

в чем разница и какому способу отдать предпочтение?

В CGI-варианте не работают некоторые механизмы, например, базовая аутентификация, однако, в нем проще отслеживать принадлежность процессов пользователям (а, следовательно, отслеживать нагрузку). Модуль работает в составе процесса Apache и, как правило, быстрее. Еще есть парочка различий, например, для CGI-подключения изменения в php.ini вступают в силу сразу, а для модуля нужно перезапускать Apache.

PS Я, как правило, отдаю предпочтение модулю.