Нашел я значит класс data table на c++, переписал его на php, работает очень быстро чтобы вытащить нужную строку из 100 мб файла требуется 0.05 сек., а памяти жрет всего 260 кб + длина поля. В таблице у меня ширина ячеек фиксированная(если строка меньше дополняю ее нуль-байтами, больше - обрезаю) так легче переписывать данные(поверх старых). Вот-то собственно вопрос где прочитать про тот как организуется хранение данных в БД, таблицах и прочее...