Имеется ввиду компиляция под Linux? Тогда перед компиляцией сорцы необходимо сконфигурировать с опцией
$ ./configure --with-mysql [=DIR]
где [=DIR] - необязательный путь к базовой директории MySQL, если СУБД установлена в нестандартном месте.
После конфигурирования набираем make и make install
$ ./configure --with-mysql --with-apxs
$ make
$ make install